カンボジアは、タイが合同国境委員会（JBC）の特別会合の開催や、国境地帯への合同測量チームの派遣を拒否していると非難するとともに、タイによるカンボジア領土への継続的な侵入に抗議している。
カンボジア政府は、こうした協議の遅れにより、避難を余儀なくされた数千人のカンボジア民間人が安全に帰宅できない状況が続いていると述べ、タイに対し、二国間合意を尊重し、国境問題を平和的な手段によって解決するよう求めた。
政府報道官のペン・ボナ氏は記者会見で、停戦から7か月以上が経過した現在も、約2万人の避難民となったカンボジア国民が帰宅できない状態にあり、その大半が女性と子どもであると述べた。
同氏によると、カンボジアはタイに対し、既存の二国間合意を履行するよう繰り返し求めてきた。特に、2025年12月27日の共同声明の第3項では、合同国境委員会（JBC）が国境の測量および画定を行い、特に被害を受けた民間地域を優先することが定められているという。
ボナ氏は、タイによる領土の占拠、避難した民間人の帰還に対する制限、さらにJBC（合同国境委員会）の開催や合同測量チームの派遣を拒否していることは、カンボジア領土への侵攻・占領を企図していることを示していると述べた。
カンボジア政府は、タイに対して合意を順守し、国境問題を平和的に解決するよう促すため、外交努力を続けていると表明した。
また、JBCの協議プロセスは、国境画定に関する問題に対処するとともに、避難を余儀なくされた民間人が安全に帰還できるようにすることを目的としていると付け加えた。
カンボジア政府によると、紛争中、64万人を超えるカンボジアの民間人が避難を余儀なくされた。停戦後、当局は避難民の帰還を支援しており、帰還できない人々については、指定された待機村で住居を提供している。
また、カンボジア政府は、タイによるカンボジアの主権および領土保全への違反とする行為について、正式に抗議している。
外務・国際協力省の声明によると、タイ軍はプルサット州のトマーダ国境検問所付近に軍事用の掩体壕（えんたいごう）を建設したという。
また、カンボジア政府は、タイがタ・クラベイ寺院およびヒル333周辺地域に国内送電網を延伸する計画を発表したことについても、異議を唱えた。
カンボジア側は、こうした活動はカンボジア領土の不法占拠を既成事実化しようとするものであり、陸上国境を規定する二国間条約に違反していると主張した。
カンボジア政府は改めて、これらの地域は、1904年のフランス・シャム協約および1907年の条約に基づいて作成された縮尺1：20万の地図によって定められたカンボジアの主権領域に含まれると主張した。
また、これらの活動は、カンボジアとタイの間で2000年に締結された「陸上国境の測量・画定に関する覚書」の第5条、および2025年12月27日の共同声明第1項に違反していると付け加えた。
カンボジア政府は、タイが一方的に主張するいかなる国境線や領有権の主張も受け入れないと表明し、タイに対して、問題となっている地域での活動を停止するよう求めた。
ボナ氏はまた、タイ軍が住宅、財産、インフラ、宗教施設などに被害を与えたと非難し、その中にはユネスコ世界遺産に登録されているプレアビヒア寺院も含まれると述べた。
ボナ氏は、タイ軍による爆撃や砲撃によってプレアビヒア寺院が被害を受けたとの報告について、違反行為の証拠であると指摘した。
同氏はさらに、カンボジアにおける国連人権専門家、フランコフォニー議会（Assemblée parlementaire de la Francophonie）、外国のソーシャルメディア上の著名人、そして国際メディア各社が、この状況について懸念を表明していると述べた。
カンボジアは、恒久的な解決を実現するためには、両国が旧インドシナ・シャム国境画定委員会から引き継いだ国際的な国境線を尊重し、「ウティ・ポッシデティス・ユリス（uti possidetis juris）」の原則を含む国際法を順守する必要があるとの立場を維持している。
カンボジア政府は改めて、武力によって国境線を変更することを認めないと表明し、タイ軍が一方的に設置した有刺鉄線、輸送用コンテナ、その他の構造物は、国際的な国境線を構成するものではないと述べた。
タイ側はこれまで、JBC（合同国境委員会）の会合延期について、国内手続き、選挙、新内閣の発足など、手続き上および政治的な理由を挙げている。
タイのシハサック・プアンケットケオ外相はタイのメディアに対し、カンボジアが海上国境問題をめぐり、国連海洋法条約（UNCLOS）に基づく強制調停手続きを進めている間は、JBC（合同国境委員会）による協議を進めることはできないと述べた。
こうした意見の相違があるにもかかわらず、カンボジアは、近隣諸国とのすべての国境問題について、平和的な手段と国際法に基づいて解決することに引き続き尽力すると表明した。
